指定管理者制度とは、地方自治法第244条の2に基づく「公の施設」の管理委託制度のことです。
議会の指定を受けた者が指定管理者として「公の施設」の管理を行うもので、指定管理者が利用者に対する法律(地方自治法)上のサービス提供者となります。

公共団体等の管理者等が施設の所有と最終的な運営権限を保持した上で、事実上の運営責任を指定管理者が負うもので、民法上の契約ではなく行政処分(協定)となります。
業務範囲は条例事項ですが、原則として複数の業務を一括して一者に委託し、公共団体等の管理者の権限を業務範囲において代行して「公の施設」の管理を行います。包括的民間委託との併用が一般的です。
なお、水道事業において給水装置を業務範囲に含める場合は、給水装置が「公の施設」に該当しないため、第三者委託の併用が必要です。また、水道管理の技術上の事務を業務範囲に含める場合も第三者委託の併用が必要となります。

指定管理者制度は、指定管理者の報酬の収受方法により「代行制」と「料金制」があります。
代行制は、公共団体等が支払う指定管理料を報酬として収受する方法です。料金制は、利用料金を報酬として収受するものですが、指定管理料と併用する場合もあります。なお、上下水道事業では料金制の導入事例はありません。

水道事業に料金制を導入する場合、基本的には水道事業の経営主体は指定管理者となるため、指定管理者は水道事業の認可を取得する必要があると考えられます。ただし、公共団体等、指定管理者のどちらが水道事業者に該当するのかについては、指定管理者が担う業務の範囲に応じて、個々の具体的事例に基づき判断されることになるようです(出典:水道事業における官民連携に関する手引き:H26年3月 厚生労働省健康局水道課)。
指定管理者が水道事業者でない場合、水道法上の水道事業者と事業経営主体が異なる形態となり、公共団体等の管理者と指定管理者が協定で役割を分担しあいながら供給責任を実現するという、制度上想定していない状況が生じます。