第三者機関とは、通常、企業組織などが責任説明を果たし、透明性を確保するために設置する合議制の組織のことをいい、公正・中立な専門家によって構成され、調査・評価・提言などを行います。

一般的には、法令違反あるいは社会的非難を招くような不正行為が発生した場合などに設置されますが、PFI事業ではモニタリング機関として、第三者機関が設置される場合があります。